Sébastien Marq étudie la flûte à bec en France avec Pierre Ginzburg et Robin Troman, puis aux Pays-Bas, au Conservatoire Sweelinck d'Amsterdam, avec Marijke Miessen, Kees Boeke et Walter van Hauwe, où il obtient son diplôme de soliste en 1985.
Premier prix du concours de Musique de Chambre de Bruges avec le Lous Landes Consort, à son retour en France, il commence une carrière internationale de soliste, de chambriste et de musicien d'orchestre : avec William Christie et les Arts Florissants, avec Pierre Hantaï et Le Concert Français, ou avec Jean-Christophe Spinosi et l'Ensemble Matheus.
Parmi la cinquantaine de disques auxquels il a participé, il faut mentionner ceux rélaisés pour Naïve : Maskes & Fantazies (Musique Anglaise du XVIIe), Essercizii Musici (Musique de Chambre de Telemann), Der Fluyten Lust-Hof (Musique Hollandaise de Jakob van Eyck, XVIIe), Sonate a Flauto, Violino e Basso de JS Bach, tous récompensés par la critique. Le disque "La Notte" (concertos pour flûte de Vivaldi avac l'ensemble Matheus) a reçu entre autres récompenses le Choc de l'année 2002 du Monde de la Musique, le Disque de l'année du Figaroscope, et le CD des Monat de Alte Musick Aktuell.
Sébastien Marq s'intéresse également à la musique contemporaine et à l'improvisation, à la direction d'orchestre et à l'enseignement. Il donne régulièrement des Master Classes en Israël, en Allemagne, aux Pays-Bas et au Japon. Il est depuis 1997 professeur au Conservatoire Royal de La Haye.
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