Né le 11 février 1959 à Munich (Allemagne)
Fils d'un violoniste allemand et d'une pianiste japonaise, il étudia le piano et le violon dans sa jeunesse.
À partir de 1978, il continue ses études au Musikhochschule d'Hanovre, étudiant le violon, le piano et la direction d'orchestre. Plus tard, il étudie à l'Université du Michigan, notamment sous la direction de Gustav Meier. Il a aussi suivi les cours de Sergiu Celibidache, et a plus tard obtenu une bourse d'étude à Tanglewood, où il a étudié sous la direction de Leonard Bernstein et Seiji Ozawa.
Entre 1991 et 1997, Märkl a été directeur musical du Saarländischen Staatstheaters (théâtre d'État de la Sarre) à Sarrebruck. Entre 1994 et 2000, il a été Generalmusikdirector et directeur d'opéra au théâtre national de Mannheim. Il débuta la direction d'orchestre aux États-Unis en 1999 au Metropolitan Opera, avec Il trovatore et il y dirige à nouveau en décembre 2000 avec Turandot3.
En 2005, il devient directeur musical de l'Orchestre national de Lyon. En septembre 2007, il devient chef principal de l'orchestre de la MDR de Leipzig.
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